Początki duszpasterstwa morskiego w Gdyni sięgają pierwszej powojennej „odwilży” w październiku 1956 roku. Kilka miesięcy później ówczesny biskup chełmiński, Kazimierz Józef Kowalski, troskę o ludzi morza powierzył redemptorystom i poprosił o wyrażenie zgody na otwarcie domu redemptorystów w Gdyni. Zaproponował on, by blisko portu powstał ośrodek duszpasterstwa morskiego, aby posługą duszpasterską służył marynarzom, rybakom i ich rodzinom. Założenie placówki o takim charakterze powierzono o. Józefowi Krokowi, który zapoczątkował redemptorystowską pracę wśród ludzi morza. Jego staraniem powstał ośrodek Stella Maris, który mieści się w podziemiach klasztoru.
W 1993 r. dekretem Ojca Prowincjała Leszka Gajdy do pracy w duszpasterstwie Ludzi Morza został skierowany ojciec Edward Pracz. Po okresie pracy w charakterze kapelana na trawlerach na Morzu Ochockim, w 1995 r. o. Edward Pracz przejął obowiązki duszpasterza Ludzi Morza od o. Józefa Kroka.
W 1998 r. obradująca w Warszawie Konferencja Episkopatu Polski, w oparciu o wytyczne określone w "Liście Apostolskim "Motu proprio" Papieża Jana Pawła II o Duszpasterstwie Ludzi Morza" z dnia 31 stycznia 1997 r., wybrała Ojca Edwarda Pracza na stanowisko Krajowego Dyrektora Dzieła Duszpasterstwa Ludzi Morza.
W dniu 1 grudnia 1999 r. dekretem ks. Arcybiskupa Metropolity Gdańskiego Tadeusza Gocłowskiego zostało powołane publiczne stowarzyszenie wiernych pod nazwą Duszpasterstwo Ludzi Morza Centrum "Stella Maris" w Gdyni. Stowarzyszenie to otrzymało własny statut, a dekret postawił przed nim następujące cele: "podejmowanie działań humanitarnych, duchowych i ekonomicznych oraz socjalnych na rzecz formacji religijnej i integracji środowiska Ludzi Morza zgodnie z nauczaniem i dyscypliną Kościoła Katolickiego". Dyrektorem stowarzyszenia został o. Edward Pracz.
W 2001 r. Duszpasterstwo Ludzi Morza uzyskało osobowość prawną organizacji kościelnej Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej pod nazwą Duszpasterstwo Ludzi Morza Centrum "Stella Maris", z siedzibą w Gdyni. Stało się tak na podstawie rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji ogłoszonego w Dzienniku Ustaw Nr 52 z dnia 26.05.2001r.
W czerwcu 2002 r. otwarto Ośrodek Rekreacyjny Stella Maris na Kaszubach.
W 2002 r. na XXI Światowym Kongresie Duszpasterstwa Ludzi Morza w Rio de Janeiro, zgodnie z wytycznymi zawartymi w "Liście Apostolskim "Motu proprio" Papieża Jana Pawła II o Duszpasterstwie Ludzi Morza" z dnia 31 stycznia 1997 r., o. Edward Pracz został nominowany na Koordynatora Regionalnego Apostolstwa Ludzi Morza dla Europy.
W 2007 r. w Gdyni odbył się XXII Światowy Kongres Duszpasterstwa Ludzi Morza. Został on zorganizowany dzięki wysiłkom i pracy o. Edwarda Pracza, pracowników i wolontariuszy Duszpasterstwa Ludzi Morza w Gdyni. W jego trakcie o. Edward Pracz został wybrany i nominowany na II kadencję Regionalnym Koordynatroem Apostolstwa Ludzi Morza.
W 2008 r. wydana Modlitewnik Ludzi Morza.
W czerwcu 2011 r. gdyński Ośrodek Duszpasterstwa Ludzi Morza odwiedziła grupa biskupów z krajów Europy Wschodniej, m.in. z Białorusi, Litwy i Łotwy. Odbywali oni wizytę w diecezji gdańskiej, podczas której zapoznawali się z różnymi aspektami pracy prowadzonej wśród ludzi morza. Spotkali się oni z marynarzami i przedstawicielami rodzin marynarskich. Dostojni goście wysłuchali również prezentacji ojca Edwarda Pracza CSsR, Europejskiego Koordynatora Duszpasterstwa Ludzi Morza o pracy duszpasterstwa.
Bardzo ważnym osiągnięciem, które udało się zrealizować w 2011 r. było stworzenie strony internetowej Duszpasterstwa Ludzi Morza.
W dniach 8-11 czerwca 2012 r. na pokładzie promu Scandinavia, w czasie rejsu przez Morze Bałtyckie do Nyneshamn w Szwecji i z powrotem do Gdańska odbył się Drugi Międzynarodowy Kongres Medycyny Morskiej, Tropikalnej i Hiperbarycznej. Jego hasło brzmiało: "Globalne wyzwania zdrowotne w pracy na morzu, dylematy etyczne, stare problemy, nowe koncepcje?". W skład komitetu organizacyjnego wszedł m.in. przedstawiciel DLM o. Edward Pracz, który zaprezentował temat: „Życie duchowe i solidarność na morzu”.
W dniach 19-23 listopada 2012 r. odbył się w Watykanie XXIII Światowy Kongres Duszpasterstwa Ludzi Morza, na którym ponownie Europejskim Koordynatorem Duszpasterstwa Ludzi Morza został wybrany i nominowany o. Edward Pracz.
W Niedzielę Bożego Miłosierdzia, 12 kwietnia 2015r., w Kościele Morskim pw. MBNP i św. Piotra Rybaka w Gdyni przekazano ludziom morza tryptyk Bożego Miłosierdzia z przesłaniem w języku polskim, angielskim, hiszpańskim, francuskim i włoskim, a także Dziennik Pielgrzymki by spełnić życzenie Jezusa: „Pragnę, aby cały świat poznał Miłosierdzie Moje.” (Dz. 687) Tryptyk z Bożym Miłosierdziem był przekazywany z kutra na kuter, ze statku na statek, a także poprzez misje Duszpasterstwa Ludzi Morza na świecie.
W dniach 4-11 listopada 2015 r. odbyło się Międzynarodowe Seminarium dotyczące Usług Socjalnych dla Marynarzy zorganizowane przez Rogera Harrisa, Dyrektora ISWAN, Richarda Kilgoura, Sekretarza Generalnego ICMA, we współpracy z Duszpasterzem Ludzi Morza o. Edwardem Praczem CSsR oraz Dziekanem Wydziału Nawigacji Akademii Morskiej w Gdyni profesorem Adamem Weintritem. Goście Konferencji spędzili weekend w Ośrodku Rekreacyjnym Duszpasterstwa Ludzi Morza na Kaszubach, gdzie również odbyła się część szkoleń. Ponadto zwiedzili oni Gdańsk i Port w Gdyni.
20 maja 2018 r. została odprawiona Msza święta w intencji rozpoczynającego się Rejsu Niepodległości.
Historycznym osiągnięciem DLM w Gdyni jest zaangażowanie się w sprawy ratowania Stoczni Remontowej Nauta, które włączyło się w jej ocalenie.
23 września 2022 r. została odprawiona Msza święta z okazji 100-lecia Portu Gdynia. W Kościele Morskim odsłonięto pamiątkową tablicę. Następnie uczestnicy uroczystości przenieśli się na odremontowane Nabrzeże Pilotowe, gdzie pobłogosławiono i poświęcono specjalną ławeczkę przedstawiającą inżyniera Tadeusza Wendę i ministra Eugeniusza Kwaitkowskiego.
